Linuxインストールを行うと、GrubないしLiloと呼ばれるブートローダーがMBR(Master Boot Record)と呼ばれる個所にインストールされます． これにより，PCに電源を入れると起動するOSを選択する画面が表示されるようになっています．

このブートローダーは Linux 領域に依存しているため，何の対策もせずに Linux 領域を削除してしまうと，起動時にエラーメッセージが表示されてOS起動ができなくなってしまいます．

この MBR を Linux 領域を削除しても問題なく動作させる方法はいくつかありますが，FDISK コマンドを用いて MBR Windows用のものに書き換える方法について説明します． これはシステムの重要な部分に対する変更を加えるため，失敗するとOSが立ち上がらなくなったりします． なので，必ず重要なファイルのバックアップは取るようにしてください．

なお，MBR を変更する一番簡単な方法は Windows のクリーンインストールとなります． そちらで構わない人は，そちらを利用しても構いません．

Windowsでは起動ディスクを作成すれば回復コンソールと呼ばれるものを使用することができます． そして回復コンソールでFDISK /MBRとコマンドを打てば MBR をWindows用に再構築することができます．

ただし，インストールガイドで検証した環境では起動ディスクを作成しても回復コンソールが正常に動作しませんでした． ですので，FDISK コマンドを Ultimate Boot CD を用いて実行することにします．

Ultimate Boot CD とはフリーのPC診断ツール集です． この中に Free FDISK と呼ばれるツールが含まれているので，これを利用してMBRを書き換えます．

まず Ultimate Boot CD をサイトからダウンロードしてください． zip, exe, iso といろいろな種類がありますが，解凍/実行すればisoが出力されるので，結局 iso ファイルをダウンロードすることになります．

そして iso ファイルを CDないしDVDに焼いてください． 方法はネットで検索すればいろいろ出てくるので，自分の好きな方法を利用してください．

焼いた Ultimate Boot CD をPCにセットし起動(または再起動)してください． 暫く待っていると，以下のようなメッセージが表示されるので，エンターを入力してください．

Press[Enter] to boot the Ultimate Boot CD:
boot:  

次に使用するツールの選択画面が表示されるので，「Filesystem Tools」→「Partition Tools」→「Free FDISK V1.3.0」の順で選択してください．

暫く待っていると色々とウィンドウが表示されますが，そのままで放置してください．すると以下の要求文が表示されます． ここはそのままエンターを入力してください．

Do you want to use large disk (FAT32) support (Y/N). [Y]?

色々画面が表示されますが，Escを入力します． するとコマンドプロンプトのような画面に移るので，以下のようにコマンドを入力します．

T:\DOSAPPS\FDISK> fdisk /MBR

そしてCTRL+ALT+DELを入力し，PCを再起動します． このとき Ultimate Boot CD を取り出してからにしてください．

次の起動では，Linux か Windows どちらを起動するか選択する画面を経由せず，Windows が立ちあがるようになっていると思います． これは Linux で MBR にインストールされた Grub(Lilo) から Windows標準の NTLDR に変更されたことを表しています．

これで MBR の書き換えは完了です． Linux領域を削除し，Dドライブなどに変更しても構いません．